是的。
1)样本制备中的问题:跑胶本?会有蛋?轻微的交叉污染,蛋?条带的扩散等;质谱检测灵敏度很?,对于出现上述交叉污染的蛋?,即使含量较低,也会被检测到;
2)测到的肽段匹配到蛋?上。由于不同的蛋?会出现部分序列相似的情况,那么该肽段同时也存在并可能匹配到其他蛋?上,所 以就会有?客户?标分?量的蛋?。建议:由于客户切割的蛋?为某?分?量范围,所以该分?量范围内的蛋?含量是相对?较?的。可以通过先对蛋?相对定量值进?排序(由?到?),然后再按照此排序,找客?需要分?量范围的蛋?。
对照组和处理组实验设计是否有问题,基因敲除是否?净,是否有补偿调控等等;样本跑胶时出现了不同程度的污染,泳道之间也会有残留,此类污染到的蛋?定量值应该偏低。
(1)pH值2-3的?氨酸buffer洗脱,?氧化还原反应;
(2)加?loading buffer煮沸;
(3)小肽竞争结合,?般适?于标签蛋?的IP富集。
合并搜库:是指客?的样本上机结束后,所有样本的下机数据数据进行合并搜库,搜库完成后,所有的样本数据会展?在同一张表里,出?份结题报告;
优点:数据合并搜库,搜库的定量数据均?性好,系统误差小,便于客?将不同样本进??较分析其的表达量情况;
缺点:所有的样本数据会展?在同?张表?(鉴定结果及功能注释结果都放在?起展?),不便于客?单独查看每个样本的蛋?情况,比如覆盖度或者unique肽段情况(即数据不好拆);
分开搜库:是指客?的样本上机结束后,所有样本的下机数据数据单独搜库,搜库结束后,且会单独出结题报告。不同的样本的数据会放在不同的表中进?结果展?;
优点:每个样本都有??单独的鉴定的结果?件,便于客?单独查看每个样本的蛋?情况;缺点:?法对不同的样本进??较分析,因为分开搜库的样本数据之间?法对不同样本进?均?化处理,无法放在?起分析;
建议:10个样本以下分开搜库;10个样本以上的样本合并搜库,合并分析(节省?产成本)。
可以,若蛋?含量太低可以送多个胶条,但是胶条太?会增加实验成本,需要额外收费。
质谱的灵敏度?常?,实验环境中会有?法避免蛋白的污染,当样本中?标蛋?含量较低时杂质蛋?就凸显出来,通常为?蛋?污染,?般建议删掉杂质蛋白即可。